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Un gioco online scopre la forma di una proteina utile per la lotta all'aids

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Messaggio Da juzz Lun 19 Set - 19:42

Grazie a un gioco online a cui partecipano migliaia di persone da tutto il mondo, è stato possibile ricostruire in sole tre settimane la struttura tridimensionale di una proteina che per anni aveva rappresentato un vero e proprio rompicapo per gli scienziati. L'importante risultato, che potrebbe dare una svolta alla ricerca di nuovi farmaci contro l'Aids, è presentato dai ricercatori dell'universita' di Washington a Seattle sulla rivista Nature Structural & Molecular Biology.

Il gioco online che trasforma qualsiasi utente di internet in uno scienziato si chiama 'Foldit', ed è stato creato da un gruppo di informatici dell'universita' di Washington per far sì che i giocatori collaborino e competano tra loro per prevedere la struttura 3D delle molecole. Le loro proposte vengono quindi inviate ai biochimici per aiutarli a perfezionare i loro modelli teorici.

Proprio questo procedimento ha permesso di definire la forma di una particolare proteina (un enzima prodotto dal virus della scimmia di Mason-Pfizer) che appartiene alla classe delle cosiddette 'proteasi retrovirali'. Queste molecole hanno un ruolo critico nella maturazione e nella proliferazione dei virus come quello dell'Aids, percio' conoscere con esattezza la loro struttura e i loro punti deboli sara' un aiuto fondamentale per sviluppare nuovi farmaci sempre piu' efficaci.

La ricostruzione della struttura della proteasi grazie a Foldit, scrivono gli autori dello studio, ''dimostra la capacita' dei giochi online di incanalare l'intuizione umana e le abilita' nel combinare modelli 3D per risolvere difficili problemi scientifici''. Lo stesso sistema potra' essere usato per definire la struttura di altre proteine coinvolte nei tumori o in malattie come l'Alzheimer.


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Ecco la proteina Casp, la cui struttura è stata risolta per mezzo di un gioco online
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Messaggio Da juzz Lun 19 Set - 22:01

questa notizia mi piace particolarmente perchè mette in evidenza un aspetto decisamente insolito nel progresso verso la cura di questa malattia:

La possibilità di interagire da casa per aiutare concretamente la ricerca!
in termini anche solo psicologici sembra incredibile collegarsi da casa e contribuire attivamente alla ricerca di una cura tra l'altro...giocando! E' un modo per fare concretamente qualcosa in un campo che sembra precluso.



riporto altri particolari:




Un videogioco può risolvere quesiti scientifici troppo difficili per i ricercatori. Si chiama Foldit, ed è un puzzle game creato apposta per "risolvere uno dei più difficili problemi di calcolo in biologia: il ripiegamento delle proteine". Una definizione apparentemente complessa, per un gioco cui in verità si può avvicinare chiunque, non solo gli esperti dell'argomento.

Foldit inoltre prevede anche il gioco a squadre, ed è proprio quest'ultimo che ha reso possibile l'individuazione di una struttura molecolare legata all'AIDS, che aveva resistito a ogni tentativo "tradizionale" negli ultimi quindici anni. Il tutto è stato spiegato con dovizia di dettagli su una rivista di settore, Nature e Structural Molecular Biology (PDF).


Di fronte a tanta difficoltà i ricercatori hanno pensato di pubblicare un puzzle su Foldit, nella speranza che qualcuno giocando riuscisse a trovare la risposta. E così è stato: le squadre partecipanti ci hanno messo solo tre settimane per trovare una struttura sufficientemente corretta, che poi gli scienziati hanno potuto raffinare in una forma definitiva.

La nuova struttura proteica potrebbe costituire la base per lo sviluppo di farmaci antiretrovirali più efficaci di quelli attuali, un risultato d'importanza storica nella medicina moderna. "Volevamo vedere se l'intuizione umana poteva avere successo dove i metodi automatici avevano fallito" ha spiega il Dr. Firas Khatib del Dipartimento di Biochimica dell'Università di Washington - lo stesso ateneo dove è stato creato il gioco.

Per giocare a Foldit è certamente utile sapere com'è fatta una proteina, ma non è assolutamente indispensabile. Per vincere ci vuole una buona dose d'intelligenza spaziale (quella che usiamo per percepire spazio e forme), intuito e logica. Capacità che tutti possono avere, e che si possono coltivare con il tempo. Bisogna anche amare giochi che non prevedano fucili, funghi colorati o acrobazie in costume, naturalmente.

Se vi piacciono i giochi puzzle, quindi, e volete provare a dare un contributo alla scienza non avete che da scaricare Foldit (Windows, Mac e Linux) e creare un account. Se siete bravi riceverete velocemente l'invito a entrare in una squadra e allora forse, un giorno, daremo un premio nobel a una squadra di giocatori.



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Messaggio Da Gex Sab 24 Set - 13:50

Gamers scoprono enzima anti- Hiv AIDS con FoldIt

La notizia è di qualche giorno fa e mi stupisce di non averla vista in prima pagina (e prima!), anzi, ho fatto fatica a trovarla sull'ANSA.

I gamers (i giocatori abituali di videogames) battono i computer nel trovare una forma stabile a un enzima fondamentale per la lotta contro il virus HIV. Si chiama Casp.

Battono i computer che ci stanno lavorando da due anni.

Lo fanno in due settimane.



La notizia la trovo solo oggi su Repubblica:

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Con relativo video:

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FoldIt! è un "gioco che può cambiare il mondo", come Folding@Home, il suo predecessore, di cui parla Jane McGonigal nel suo libro del 2011 Reality is Broken (La realtà in gioco, in Italia) e che ho avuto modo di citare svariate volte qui sul blog.

Il sogno della McGonigal è vedere un gamer vincere il premio Nobel per la pace. Ora forse vedrà prima una community di gamers vincere quello per la Medicina.



Il titolo del gioco significa "Ripiegala!" - riferito alla proteina. Si tratta di complessi puzzle tridimensionali che al confronto il Cubo di Rubik è per bambini dell'asilo. E servono i più complessi calcolatori per poter simulare i legami molecolari che "tengono insieme" quei magnifici origami che sono le proteine. Basta una piega sbagliata e - puff! - tutto disgregato.



Come è stato possibile? Per dirlo con le parole di Jane:

The minute gamers get their hands on a new game, they start compiling collective intelligence about it. It's not something that happens after they get tired of playing—it's an essential part of gaming. And, according to Wikia's traffic statistics, for every single wiki contributor, thousands more players show
up to make use of the data. Gamers make daily use of collective intelligence, and as a result they instinctively understand the value and possibility of big crowd projects.
In short, gamers are already our most readily engageable citizens.

Non appena mettono mano su un nuovo gioco, i gamers cominciano immediatamente a raccogliere informazioni al riguardo. E non è qualcosa che fanno quando si stancano di giocare - è una parte essenziale dell'esperienza di gioco. E, sulla base delle statistiche di traffico dei vari Wikia dedicati, per ogni utente che posta un wiki ce ne sono migliaia che si presentano per sfruttare i dati raccolti. I gamers fanno uso giornaliero delle informazioni collettive, e di conseguenza hanno una comprensione istintiva del valore e delle potenzialità di progetti di massa.
In breve, i gamers sono già ora i nostri migliori cittadini predisposti a un coinvolgimento personale.
E sono milioni.

L'enzima Casp, la cui struttura è stata risolta per mezzo di un gioco online.
(fonte: F. Khatib, Univ di Washington/Nature Structural and Molecular Biology)

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Messaggio Da juzz Sab 24 Set - 21:57

cheers
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Messaggio Da Gex Dom 25 Set - 8:42

Questa notizia e' veramente strana..
Ragazzini che non sanno nulla di genetica, biochimica immunologia ecc.. trovano la struttura di una proteina fondamentale per il virus dell' HIV AIDS e i
ricercatori??
Perche' nessuno ne parla? e' una bufala?
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Messaggio Da juzz Dom 25 Set - 19:28

non penso, del resto sono stati gli stessi ricercatori a mettere online il gioco.

e poi ho visto riportata su internet la notizia in molti siti e ho trovato la pagina dove è possibile scaricare il giochino!


gex...facciamo una partitina? Smile hai visto mai che contribuiamo attivamente alla lotta all'aids !
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Messaggio Da Gex Lun 26 Set - 5:46

gex...facciamo una partitina? hai visto mai che contribuiamo attivamente alla lotta all'aids !

Perche' no...
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Messaggio Da juzz Mar 27 Set - 19:24

io l'ho appena scaricato da questo sito:

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e sto cercando di capire qualcosa delle regole qui, certo non si tratta di tetris Wink , è un po' più complesso :

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trovo sia molto bello avere anche solo la sensazione di fare qualcosa contro il virus! fare qualcosa di attivo e di concreto.

scaricatelo anche voi! Smile
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Messaggio Da juzz Mar 27 Set - 19:40

sto giocandoooooooo!! cyclops

Non ci capisco niente ma sto giocando Basketball

ho già vinto in due schemi di gioco, ma non ho ancora capito cosa ho fatto...ho solo tirato due cordicelle alien
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Messaggio Da juzz Mar 27 Set - 19:45

mi sto divertendo! è molto intuitivo!

è tutto in inglese ma c'è una chat in tempo reale dove si può parlare con italiani più esperti che possono aiutarti! Smile
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Messaggio Da Gex Mer 28 Set - 7:41

Appena avro un po di tempo, provo a giocare anch'io...
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Messaggio Da juzz Mer 28 Set - 9:33

fosse in italiano sarebbe meglio...Wink comunque sto facendo un sacco di punti...diciamo che è complicato ma stimolante
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Messaggio Da Gex Mer 28 Set - 14:03

juzz ha scritto:fosse in italiano sarebbe meglio...Wink comunque sto facendo un sacco di punti...diciamo che è complicato ma stimolante

Magari il prossimo che scopre qualcosa sarai proprio tu..
Very Happy
Ci descrivi in cosa consiste il gioco?
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Messaggio Da juzz Mer 28 Set - 15:25

molto volentieri : è una specie di puzzle in tre dimensioni...ricorda un po' tetris ma è più legato alla logica e alle capacità creative e fantasiose del giocatore.

Ci sono 32 schemi iniziali ( io sono al settimo) man mano più difficili e sui quali si può fare esperienza per imparare a giocare sulle proteine vere alle quali si accede dopo questo allenamento. Negli schemi vengono raffigurate proteine ed enzimi ai quali bisogna dare una forma razionale e più ci si avvicina ad una forma che in natura può esistere più il gioco concede punti e permette di passare al livello successivo. I primi livelli sono semplicissimi e nei livelli successivi ci sono sempre dei suggerimenti che ti consentono di imparare e di immagazzinare conoscenze giocando.
Le strutture da modificare con i mouse sono legami idrofobi o idrofili e poi i filamenti delle proteine si possono spostare e cambiare sempre seguendo il punteggio del gioco. Più si ottengono punti più la struttura è corretta. Ci sono moltissime informazioni e man mano che giochi diventi un piccolo biologo Wink Poi io sono ancora all'inizio e sono una matricola....ma c'è gente che è diventata bravissima. Il punto è che è divertente e ti permette di fare qualcosa di concreto, perchè non stai solo giocando Wink

Comunque vado avanti!

ma scaricatelo anche voi eh!
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Messaggio Da Gex Mer 28 Set - 20:51

Da come ne parli sembra una cosa divertente, mi incuriosisci..
Come fai a sapere che c'e' gente bravissima? Sei in contatto con altri giocatori? Ne hai conosciuti?
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Messaggio Da juzz Mer 28 Set - 22:12

li vedi nella chattina in tempo reale che si scambiano notizie e raccontano i loro successi. Io ho chiacchierato con alcuni italiani. Pare che dopo la notizia sull'enzima casp c'è stata un'impennata di iscrizioni.

QUando un giocatore è particolarmente bravo viene contattato per affiliarsi ad un gruppo, e insieme si va avanti in una squadra.
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Messaggio Da juzz Ven 30 Set - 20:43

posso fare un OT?



solo per la cronaca....volevo dirvi che dopo giorni di duro allenamento in questo momento sono centoventesimo tra tutti gli utenti di foldit nella decodifica di una tossina di uno scorpione...con altre proteine sono un po' più scarso...ma questa pare fatta per me ...se volete verificare il mio nick su foldit è JUZAR Wink



correggo ora....sono novantaquatresimo!!! bounce

scusate l'ot...non aprirò altri post su questa gara...al massimo aggiorno questo.

ore 23.36 sono venticinquesimoooo!!
ore 23.40 diciottesimo!
ore 23.44 tredicesimo!!

e ora è un'ora che sono fermo al 13° posto.... Rolling Eyes


Ultima modifica di juzz il Ven 30 Set - 22:34 - modificato 1 volta.
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Messaggio Da Gex Ven 30 Set - 22:00

Puoi aprire tutti i post che vuoi... Qui non esiste censura..
Very Happy

P.S. Caspita sei bravissimo...
quindi stai aiutando la ricerca in qualche modo? Speriamo..
Very Happy
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Messaggio Da juzz Sab 1 Ott - 13:47

beh diciamo che mi sto preparando all'assalto di una proteina implicata in un virus delle scimmie... Wink in cosa contribuisco ancora non l'ho capito...però sono dodicesimo in questa classifica di questa proteina di uno scorpione Wink
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Messaggio Da Gex Sab 1 Ott - 15:20

juzz ha scritto:beh diciamo che mi sto preparando all'assalto di una proteina implicata in un virus delle scimmie... Wink in cosa contribuisco ancora non l'ho capito...però sono dodicesimo in questa classifica di questa proteina di uno scorpione Wink

Ecco anch'io non ho ben capito... Very Happy
Pero' forse stai facendo una cosa importante.. tienici aggiornati..
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Messaggio Da juzz Sab 1 Ott - 19:12

si ma quando ti iscrivi e giochi pure tu? Smile
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Messaggio Da Gex Sab 1 Ott - 20:15

Ok scaricato il gioco (24 Mb), ora cerco di capirci qualcosa..
Rolling Eyes
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Messaggio Da juzz Sab 1 Ott - 21:31

bravo! leggi le istruzioni in quel sito wiki di cui ho postato il link in questo topic! Smile

poi segui l'iter degli schemi di allenamento, e in pochi giorni ti cimenterai come me con le proteine vere!

chiedimi pure tutto quello che non ti è chiaro! cheers
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Messaggio Da Gex Dom 2 Ott - 13:19

Il gioco all'inizio sembra complesso ma poi diventa semplice, non occorre conoscere l'immunologia perche il tutto e' presentato come gioco, in maniera semplice, potrebbe essere usato anche nelle scuole per far comprendere meglio agli alunni la struttura proteica tridimensionale delle proteine e le interazioni fra i legami.
Purtroppo non ho tanto tempo per dedicare al gioco, che comunque e' veramente ben fatto..
Very Happy
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Messaggio Da juzz Lun 3 Ott - 1:13

Very Happy eh si
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Messaggio Da Gex Lun 3 Ott - 8:48

Ancora devo capire come questo aiuti la ricerca.. Rolling Eyes

Che livello sei arrivato?
Io sono troppo basso dovrei impegnarmi di piu'..
Very Happy
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Messaggio Da Gex Lun 3 Ott - 8:53

Qui c'e' un articolo che elogia questo gioco e la modellistic tridimensionale delle proteine come aiuto per la ricerca..



Gummy bears and the chemistry of drugs

or; how an augmented-reality ball of gummy bears can help researchers learn which drugs may potentially work best

Screen grab from video.


In this video from Chemical and Engineering News, Art Olson, a professor at the Scripps Research Institute demonstrates how chemists in his lab can predict how well the drugs that they design will work in real life.

Olson's lab prints 3D models of molecular structures, both targets -- like the HIV protease enzyme shown in the video below -- and the drugs they've designed to interact with those targets. When Olson holds 3-D models in front of a webcam, chemical analysis software his team has built interacts with and analyses how well the drugs physically fit their targets. This allows the researchers to test how well they are to chemically interact on a molecular level before testing the drug in vivo:

Visit CENonline's YouTube channel.



This is an interesting video, but I don't see how this method is superior to FoldIt for predicting molecular interactions between target proteins and drugs (Read more and watch a video about FoldIt). FoldIt is a free online video game that is crowd-sourced, relying on the collective intelligence of large groups of people to answer the same questions as this computer program.

.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..

Arthur J. Olson heads the Molecular Graphics Laboratory at Scripps. The Scripps Research Institute is on facebook and can also be found on twitter @scrippsresearch

Chemical and Engineering News is on facebook and can also be found on twitter @CENmag

.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..

twitter: @GrrlScientist
facebook: grrlscientist
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Messaggio Da juzz Lun 3 Ott - 10:00

io i 32 schemi propedeutici li ho completati, ora sto affrontando le proteine vere, quelle date in pasto agli utenti per essere risolte
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