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Aids, le rotte del virus in un software

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Messaggio Da Gex Mer 25 Mag - 8:59

Grazie a un software sofisticato messo a punto da italiani e' stato possibile tracciare un ''albero genealogico'' del virus dell'Aids in Italia, cioe' vedere come circola e quali regole segue per trasmettersi, dal quale e' emerso, per esempio, che la trasmissione avviene di preferenza tra persone della stessa regione. E' questo il frutto del lavoro condotto da Mattia Prosperi, attualmente Visiting Scientist presso la University of Florida, e pubblicato sulla rivista Nature Communications. Il lavoro e' una collaborazione internazionale coordinata da Andrea De Luca, infettivologo dell'UCSC di Roma, resa possibile grazie ai dati della coorte ARCA, iniziativa coordinata da Maurizio Zazzi, virologo di Siena. ARCA colleziona, in maniera rigorosamente anonima, informazioni relative a pazienti sieropositivi ed al loro genoma virale in vari centri del territorio nazionale. ''Il principale obiettivo di questo studio – spiega Gianni Rezza del dipartimento di Malattie Infettive dell'Istituto Superiore di Sanita' di Roma – e' sperimentare metodi di analisi filogenetica, di evoluzione del genoma, dell'Hiv utilizzando un'ampia raccolta di virus, andando a vedere qual e' la dinamica di trasmissione di un virus all'interno di comunita', e quali sono i fattori associati alla comparsa di raggruppamenti di persone. Per esempio un fattore puo' essere l'aumento della carica virale''. L'obiettivo del gruppo di ricerca e' stato quello di determinare dei 'cluster', cioe' degli insiemi di individui che si sono trasmessi l'infezione l'uno con l'altro, in Italia. I ricercatori hanno prima confrontato il codice genetico del virus dell'Aids dei pazienti, analizzando 11.541 sequenze genetiche di HIV-1 di sottotipo B provenienti da 7350 pazienti. Poi hanno costruito, sulla base di questi confronti genetici, l'albero genealogico dell'HIV in Italia. Poiche' e' un ''albero'' dalle dimensioni notevoli, gli esperti hanno creato un software, per studiare i grappoli automaticamente, chiamato 'phyloPart': ''il primo e finora unico metodo che permette di analizzare alberi cosi' grandi'', ha spiegato Prosperi. L'albero mostra che in Italia la trasmissione e' avvenuta prevalentemente tra individui con fattori di rischio simili, cioe' di preferenza categorie di persone a rischio come i tossicodipendenti o gli omosessuali che tendono a trasmetterselo l'uno con l'altro, ed appartenenti alle medesime regioni del paese. Ma emerge inoltre che lo stesso virus puo' circolare anche tra gruppi diversi, per esempio tra persone omosessuali e eterosessuali, e passare da una regione geografica a un'altra. Questi metodi di bioinformatica possono consentire l'individuazione delle dinamiche che aiutano un virus ad aumentare la capacita' di adattarsi e moltiplicarsi e come emerge la resistenza ai farmaci, spiega Rezza, permettendo in futuro di allestire strategie preventive ad hoc. Il software potrebbe essere utile per analizzare altri virus, ad esempio quelli che causano le epatite o l'influenza.
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